简要回答
如果说员工已经正在办理离职手续，但是还没有办理完全，可能因为种种事情擅自离岗的话，一般情况下，员工自己要承担一部分责任。毕竟是擅自离岗的，可能会给公司造成一定的损失。而对于公司来说，也需要及时的给员工发放工资。
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其实最常见的处理方法就是用人单位首先以书面的形式给员工送通知单，限定员工在指定的时间内回到公司上班。
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并且在通知单上明确的指出，如果说员工没有在指定的时间内回公司上班的话，那么公司也会有对应的处理措施。
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其实员工擅离职守已经达到了公司辞退的标准，在这个时候用人单位是可以将解除劳动关系的事宜告知员工，并且以书面形式送达离职的通知书。
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在送达离职通知书的时候，建议员工及时的去公司来办理交接工作以及离职手续。这个时候如果说员工还想结算工资的话，那是特别困难的。
“张承辉博客” 员工离职手续没办好擅自离岗怎么办 https://www.zhangchenghui.com/244920